Ribuan tahun yang lalu, naga kuno Bahamut mendatangkan malapetaka di tanah Mistarcia, sebuah dunia tempat para dewa dan iblis hidup di antara umat manusia. Bekerja sama untuk mencegah kehancuran dunia, para dewa saingan hampir tidak berhasil menyegel Bahamut, setuju untuk membagi kunci di antara mereka sehingga naga itu akan tetap dipenjara selamanya.
Dengan dunia yang aman dari kehancuran Bahamut, hal itu menjadi hal biasa bagi para pemburu hadiah seperti Favaro Leone. Menjalani gaya hidup yang santai dan mementingkan diri sendiri, Favaro yang amoral menjalankan pekerjaannya sambil melarikan diri dari sesama pemburu hadiah Kaisar Lidfard, seorang pria saleh yang bersumpah akan membalas dendam pada Favaro. Namun, kehidupan riang Favaro terlempar ke dalam kekacauan ketika dia bertemu Amira, seorang wanita misterius yang memegang setengah dari kunci perdamaian dunia yang rapuh.
Shingeki no Bahamut: Genesis bercerita tentang sekelompok pahlawan yang tidak terduga yang menemukan diri mereka terjebak di tengah bentrokan epik antara dewa dan setan, dipaksa untuk mengukir jalan mereka sendiri dalam menghadapi badai yang akan segera terjadi.
