Terlepas dari kekalahan Quinella—pontifex dari Gereja Axiom—segalanya masih belum tenang. Saat menghubungi dunia nyata, Kazuto “Kirito” Kirigaya mengetahui bahwa Ocean Turtle—pelampung besar yang dikendalikan oleh Rath—digerebek. Karena arus pendek tiba-tiba yang disebabkan oleh perampok, fluctlight Kirito rusak, membuatnya koma. Merasa tidak aman dengan orang-orang di Gereja Axiom, Alice membawa Kirito yang tidak sadarkan diri kembali ke kampung halaman mereka—Desa Rulid, mengabaikan pengusirannya karena kejahatan yang belum terselesaikan. Sekarang, Alice menjalani kehidupan biasa dan damai di dekat desa, berharap agar Kirito bangun.
Namun, tragedi terjadi ketika Alice menyadari bahwa Dark Territory telah mulai menginvasi Kerajaan Manusia. Mengembalikan alias sebelumnya, Alice Synthesis Thirty, dia berjanji untuk mengalahkan Dark Territory untuk mempertahankan dunia yang Kirito dan Eugeo bekerja keras untuk lindungi.
