Di permukaan, SMA Koudo Ikusei adalah sebuah utopia. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan peringkatnya tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya kurang ideal. Empat kelas, A sampai D, diurutkan berdasarkan prestasi, dan hanya kelas teratas yang menerima perlakuan yang menguntungkan.
Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, tempat sekolah membuang yang terburuk. Di sana dia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya dia ditempatkan di Kelas D karena kesalahan dan keinginan untuk naik ke Kelas A, dan idola kelas yang tampaknya ramah Kikyou Kushida, yang bertujuan untuk mendapatkan teman sebanyak mungkin.
Sementara keanggotaan kelas bersifat permanen, peringkat kelas tidak; siswa di kelas peringkat bawah dapat naik peringkat jika skor mereka lebih baik daripada siswa di kelas atas. Selain itu, di Kelas D, tidak ada batasan tentang metode apa yang dapat digunakan untuk maju. Di sekolah kejam ini, dapatkah mereka menang melawan rintangan dan mencapai puncak?
