Nariyuki Yuiga, seorang siswa sekolah menengah tahun ketiga yang miskin, bekerja tanpa lelah untuk menerima nominasi VIP, sebuah beasiswa yang akan menutupi semua biaya kuliahnya. Sebagai pengakuan atas kerja kerasnya, kepala sekolah memberinya beasiswa terkenal.
Namun, beasiswa ini diberikan dengan satu syarat: dia harus mengajari para jenius sekolah dalam mata pelajaran terlemah mereka! Bergabung dengan brigade murid barunya adalah maestro matematika Rizu Ogata, yang ingin belajar humaniora; legenda sastra Fumino Furuhashi, yang ingin belajar sains; dan teman masa kecil Yuiga yang paham olahraga, Uruka Takemoto, yang putus asa dalam segala hal.
Bokutachi wa Benkyou ga Dekinai mengikuti Yuiga saat dia mencoba mengajari ketiga muridnya yang eksentrik dalam serangkaian kejenakaan yang aneh dan komedi. Tapi karena ambisi Ogata dan Furuhashi bertentangan dengan bakat mereka, akankah Yuiga dapat membantu murid-muridnya mencapai impian mereka?