Sindrom Pubertas yang langka dan tidak dapat dijelaskan dianggap sebagai mitos. Ini adalah penyakit langka yang hanya menyerang remaja, dan gejalanya sangat supernatural sehingga hampir tidak ada yang mengenalinya sebagai kejadian yang sah. Namun, siswa sekolah menengah Sakuta Azusagawa tahu dari pengalaman pribadi bahwa itu sangat nyata, dan kebetulan cukup lazim di sekolahnya.
Mai Sakurajima adalah siswa sekolah menengah tahun ketiga yang mendapatkan ketenaran di masa mudanya sebagai aktris cilik, tetapi baru-baru ini menghentikan karirnya yang menjanjikan karena alasan yang tidak diketahui publik. Dengan sikap tidak dapat didekati, dia terkenal di seluruh sekolah, tetapi tidak ada yang berani berinteraksi dengannya — sampai Sakuta melihatnya berkeliaran di perpustakaan dengan kostum gadis kelinci. Terlepas dari penampilannya, sepertinya tidak ada yang memperhatikannya, dan setelah menghadapinya, dia menyadari bahwa dia adalah korban lain dari Sindrom Pubertas. Saat Sakuta mencoba membantu Mai melalui kesulitannya, tindakannya membuatnya berhubungan dengan lebih banyak gadis yang menderita penyakit yang sulit dipahami.
