Sihir Onmyoudou pernah menjadi teknik ampuh yang digunakan oleh Jepang selama Perang Dunia kedua agar mereka menang dan membangun bangsa mereka sebagai kekuatan yang tangguh. Tapi Jepang dengan cepat dikalahkan setelah onmyouji Yakou Tsuchimikado yang dihormati menyebabkan “Bencana Spiritual Besar”, sebuah peristiwa yang melanda Tokyo hingga hari ini. Sebagai akibat dari kecelakaan ini, Agensi Onmyou didirikan untuk mengusir bencana spiritual lebih lanjut dan memerangi iblis yang akan masuk ke dunia.
Sekarang, Onmyoudou telah menjadi jauh lebih modern, disederhanakan, dan disempurnakan untuk digunakan dalam berbagai aplikasi seperti kedokteran dan teknologi. Namun, tidak semua orang bisa memanfaatkan sihir tersebut, seperti halnya Harutora, anggota keluarga cabang Tsuchimikado. Meskipun ada janji lama untuk melindungi Natsume, pewaris keluarga utama Tsuchimikado dan reinkarnasi Yakou, sebagai familiarnya, Harutora tidak memiliki bakat dan memilih untuk hidup normal sebagai gantinya. Tetapi ketika seorang anggota terkemuka dari Badan Onmyou mencoba untuk membuat ulang eksperimen yang sama yang menyebabkan kejatuhan Jepang, dia memutuskan untuk menepati janjinya dan bertarung di sisi Natsume.
