Pada tahun 2008, pemerintah Jepang mulai memburu orang-orang yang mengidentifikasi diri sebagai otaku dalam upaya melindungi budaya negara tersebut. Hanya dalam satu minggu, lembaga penegak yang dikenal sebagai SSC menangkap hampir setiap otaku secara paksa dan menyita memorabilia mereka. Seorang pria penuh semangat yang menyebut dirinya Pahlawan Otaku menolak untuk mengizinkan agensi ini melakukan apa yang mereka inginkan: dia mengumpulkan pasukan perlawanan yang terdiri dari geek terlantar lainnya yang bersatu untuk membantu mempertahankan budaya mereka.
Tiga tahun kemudian, api pemberontakan mereda karena semua harapan tampaknya hilang bagi otakus. Didorong oleh sekutunya—gadis penyihir Anarki—Pahlawan Otaku memimpin perlawanan dalam upaya menyatukan kembali Anarki dengan dua gadis penyihir lainnya: Biru dan Merah Muda. Dengan menggabungkan kekuatan trio ini, para perlawanan mungkin bisa mengalahkan SSC dan menyelamatkan budaya otaku untuk semua orang.
