Musim ke-2 Gakusen Toshi Asterisk melanjutkan kisah siswa Genestella Ayato Amagiri dan Julis-Alexia von Riessfeld, yang telah maju ke babak berikutnya di Phoenix Festa setelah pertempuran panjang dan berat dengan saudara perempuan Irene dan Priscilla Urzaiz.
Terlepas dari upaya terbaik Julis dan Ayato, fakta bahwa kekuatan Ayato telah disegel bukan lagi rahasia. Sekarang dengan kerugian besar, keduanya harus membuat rencana jika mereka ingin memenangkan Phoenix Festa. Hanya satu hal yang pasti: masalah yang menuju ke arah mereka hanya akan semakin tidak dapat diatasi sejak saat ini.
